Ich kann Florian nur zustimmen. Ziel muß es sein, möglichst alles bis zum bitteren Ende am Plotter vektoriell zu halten, nicht nur wegen der Dateigrößen sondern auch u.U. wegen der Druckgeschwindigkeit. Ich kenne hier Leute, die 300MB TIFFs an den Plotter schicken und sich fragen warum nichts geht.
Was ich eigentlich sagen respektive fragen wollte ist, ob EPS(RGB) -> EPS(CMYK) oder PDF(...) nicht auch ohne Illustrator geht, nämlich wenn man in InDesign eine PDF erstellt und im Exportdialog unter Erweitert->Farbe CMYK angibt sollte die plazierte EPS/PDF konvertiert werden (wobei man das Farbmanagement auch im selben Dialogfeld einstellen kann).

grüße
jan