Das musst Du selbst entscheiden, welches Format Du als Archivierung bevorzugst. Wenn Du ein Archivierungstool hast, dass auch im PDF nach Text suchen kann, dann mag es für dich OK sein. Andere bevorzugen plain Text (die Anhänge sind ja laut MIME Standard Base64 codiert und können jeder Zeit mit einem geeigneten Programm aus der Textdatei extrahiert werden) oder andere Formate.
Kann Outlook auch Unterverzeichnisse anlegen, wo man projektbezogen alle E-Mails dort ablegen kann?

Ich archiviere sie als txt Dateien ab und packe dann alle aus dem Projekt in eine Datei. Mit dem Dateimanager kann ich gepackte Dateien behandeln als wäre es ein Verzeichnis und kann dann dort nach Text suchen. PDF hat hingegen ein einheitliches Erscheinungsbild zum ausdrucken. Dafür ist im plain text jede Information des Headers drin, was bei Streitigkeiten wichtig sein kann (nachverfolgen woher die mail kam usw).