Falls es für die Linienstärke keine Exporteinstellung gibt, dann bleibt doch nur, die Linienstärke in Illustrator zu verändern. Sollte doch ganz schnell und leicht gehen.

Vielleicht hilft es aber auch, die Einheiten für die Linienstärke umzustellen, z.B. von mm auf Pixel oder ähnlich... einfach mal ausprobieren.