Nach schlechten Erfahrungen mache ich nichts mehr ohne eine erneute Tektur, was irgendwie jenseits des Genehmigten ist. Das würde ich auch ganz klar kommunizieren:
Wenn Sie den Kniestock höher möchten, müssen wir nochmal einreichen. Ihre Chancen zur Genehmigung sehe ich so und so. (mein Honorar für die Lp 4 berechne ich natürlich erneut, als Hinweis)

(in meinem Fall ging es um 0,5m mehr Breite einer Terrasse)

Ansonsten schließe ich mich Florian an.

Gute Erfahrungen habe ich auch mit dem Versenden des Bautagebuchs/berichts an sämtliche Parteien (ggf. in offzieller Version) inkl. Erledigungsspalte bzw. intensivem Lesen und ggf. Korrigieren/Ergänzen der Berichte der Projektleitung.