Es ist doch überhaupt gar nicht sinnvoll alle Layer/Ebenen in einer Datei zusammenzuführen.

Es ist doch viel einfacher handhabbar, wenn jede Datei ausschließlich für sich editierbar ist, und nicht alle Dateien in einer Datei.
Daher ist es aus meiner Sicht vernünftiger, man "referenziert" die einzelnen DWGs in die ArchiCAD-Datei als externe Zeichnung, statt sie als XREF hinzuzuladen.

Dann bleibt die Anzahl der Objekte, mit denen man handtieren muss überschaubar, und wenn die Darstellung einer DWG geändert werden muss, öffnet man diese ebenen und macht es separat.

Stammen die DWGs aus Revit, Allplan oder MicroStation ? Vielleicht kann man da auch die Exporteinstellungen so manipulieren, dass die Anzahl der Layer reduziert wird. Aber von dem Zusammenführen würde ich abraten.